首先，要依据土质搭配底肥。
土质决定了如何施用底肥。不同地区的棚室，土壤的质地不同，保水保肥的能力不同，差异较大的是沙质土与黏质土。其中，沙质土保水保肥能力差，沙土地的肥力水平要低于黏土地，而黏质土的供肥能力差，因此，在施用底肥时，要区别对待。对于沙土地，应增施有机肥，同时配合施用土壤改良剂或保水剂，可增强其保水保肥能力。而黏土地透气性差，团粒结构形成少，可通过施用稻壳鸡粪或秸秆还田等措施加以改良。
其次，要依据棚龄施用底肥。
当前，每个大棚种植区棚室的棚龄差别很大，有的是近几年刚建的新棚，有的是近20年的老棚。对于新建的棚室，原种植地块的表层熟土多被取走用于堆砌墙体，这样，刚建的新棚表层土为生土，它所含的有机质很少，各种养分含量不足，必须通过使用基肥加以改土沃土。建议亩用20立方米的稻壳鸡粪或鸭粪，40-50公斤三元复合肥以及中微量元素肥，深翻入土，并在蔬菜定植前，穴施生物菌肥，补充土壤中的有益菌。
对于老棚，则由于常年使用肥料，尤其是冲施了大量的化学肥料，多表现为养分含量高，但利用率低的情况，因此，在老棚生产中应特别注意增施生物菌肥，以提高养分利用率。粪肥每亩施用15立方米左右，而化肥的使用量应注意减半。
再次，要根据种植的作物搭配底肥。
蔬菜种类不同，基肥的用量应有差异。如瓜类、茄果类蔬菜需肥量大，建议鸡粪每亩施用量在20立方米左右，化肥40-50公斤。像豆类蔬菜，因其根部共生的根瘤菌具有固氮能力，所以可根据情况适当减少基肥中氮肥的使用量，以免发生旺长。可每亩施用5-8立方米鸡粪的基础上，配合施用30-40公斤硫酸钾复合肥。